Run time estimates for each sequencing step on Illumina sequencing platforms
The run time specifications for Illumina sequencing runs include cluster generation, SBS chemistry cycles, paired-end chemistry, and wash steps. In addition, runs that use non-patterned flow cells pause for a template building step. To aid in planning sequencing workflows and in estimating overall run times, Table 1 summarizes the estimated length of each sequencing step for Illumina sequencing platforms and chemistry versions.
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Instrument | cBot Cluster Generation | On Board Cluster Generation | Cycle Time (Minutes) | Template Building * | Paired End Turnaround | Post-Run Wash / Maintenance Wash | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
iSeq 100 | N/A | 5 hr | 2.2 | N/A | 52 minutes | No Wash | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiniSeq | N/A | 90 minutes | 3.5 | Run Continued | 60 minutes | 75 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiSeq v2 Chemistry | N/A | 60 minutes | Nano = 2.5
Micro = 3
Full = 4.5 | Run Continued | 31 minutes | Post-Run = 20 minutes
Post w/ Template = 30 minutes
Maintenance Wash = 90 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiSeq v3 Chemistry | N/A | 70 minutes | 6 | Run Continued | 50 minutes | Post-Run = 20 minutes
Post w/ Template = 30 minutes
Maintenance Wash = 90 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NextSeq 500/550 | N/A | 2.5 hr | 4.6 | Run Continued | 60 minutes | 90 Minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NextSeq 1000/2000 P1 | N/A | 3.75 hr | 2.5 | N/A | 40 minutes | Optional purge: 1.5 hr | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NextSeq 1000/2000 P2 | N/A | 4 hr | 3.5 | N/A | 40 minutes | Optional purge: 1.5 hr | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NextSeq 1000/2000 P3 | N/A | 4 hr | 5 | N/A | 45 minutes | Optional purge: 3 hr | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq 2500 Rapid Run v2 | N/A | 1.5 hr | 7 | 1.5-2 hr | 1 hr | Water Wash = 15 minutes
Maintenance Wash = 90 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq 2500 Rapid Run v2 (cBot) | 1 hr | 1.5 hr | 7 | 1.5-2 hr | 1 hr | Water Wash = 15 minutes
Maintenance Wash = 90 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq 2500 TruSeq v3 | 5 hr | N/A | Single side = 53
Dual side = 67 | 4-8 hr | 4.5 hr | 20 (wash only position 1-8)
or 60 / 130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq 2500 TruSeq v4 | 2 hr | N/A | Single side = 19
Dual side = 30 | 5-6 hr | 3 hr | 20 (wash only position 1-8)
or 60 / 130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq 3000/4000 | Single Read - 4 hr Paired-End - 3 hr | N/A | Single side = 12 #
Dual side = 16 # | N/A | 2.5 hr | 20 (wash only position 1-8)
or 60 / 130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HiSeq X v2.5 | 3 hr | N/A | 12 # | N/A | 2.5 hr | 20 (wash only position 1-8)
or 60 / 130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NovaSeq 6000 | N/A | 130 minutes¤ | SP/S1 = 3.5
S2 = 5
S4 = 6.75 | N/A | 48 minutes | Post-run = 80 minutes
Maintenance wash = 80 minutes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NovaSeq X/X Plus | N/A | 4.6 hr | B10 = 2.8 | N/A | 50 minutes | Post-Run = 110 minutes
Maintenance = 180 minutes |
Table 1. Approximate times for each sequencing step per instrument and supported chemistry
* Template building time will vary based on cluster density
¤ XP workflow is approximately 115 minutes as ExAmp step is skipped
# Cycles 2-5 on these runs can take up to 25 minutes each
Estimated run times will depend on cluster density and available computer resources. If the hard drive does not have sufficient space for data processing, or network location speeds are slow, run times may be prolonged. Total run times for the maximum read lengths of Illumina platforms, and other sequencing run specifications, can be found on the Illumina Sequencing Platforms web page.
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #1540), contact Illumina Technical Support [email protected]. |