# 使用BaseSpace基因云计算平台和bcl2fastq2 2.17以及以上版本软件时，如何排查拆分异常情况
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本技术文档适用于[BaseSpace基因云计算平台](https://basespace.illumina.com/)和[bcl2fastq2](http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software.html) 2.17以及以上版本软件的数据拆分问题。
BaseSpace基因云计算平台和bcl2fastq2 v2.17+在数据拆分结束后均会产生拆分总结文件，即DemuxSummaryF1L#.txt。其中，L#代表的是流动槽（Flow Cell）上的通道（Lane）编号，并且针对每条Lane都会产生一个对应的文件。该文件可以用于排查拆分异常情况的原因。
**在哪里可以看到DemuxSummaryF1L#.txt**
***bcl2fastq2 2.17以及以上版本软件***
FASAQ文件生成结束后，在stats文件夹中会产生DemuxSummaryF1L#.txt文件。Stats文件夹位于指定的输出目录中。
***BaseSpace基因云计算平台***
针对所有的测序运行runs，在FASAQ文件生成结束后，系统会把DemuxSummaryF1L#.txt存储在相应的project中。用户可以通过点击project中分析中的FASTQ Generation链接，在弹出的Summary界面点击View Files（图1），就可以在文件列表中找到DemuxSummaryF1L#.txt文件。
1. 进入 **Run** 页面，在 **“Latest Analyses”** 下选择 **FASTQ Generation** 链接（见图 1）。
**图 1：**列出 FASTQ Generation 分析的 Run Summary 页面
2\. 在 **Analysis Info** 页面中，向下滚动到 **Log Files**（见图 2）。你可以在日志文件列表中找到 **DemuxSummaryF1L#.txt** 文件。
**图 2：**Analysis 页面中的日志文件列表
**DemuxSummaryF1L#.txt含有哪些内容？**
DemuxSummaryF1L#.txt含有两个部分。正如图3显示的，文件的上半部分是一个tab分割的表格，该表格总结了每个tile的样本拆分情况。表格的左侧是流动槽上的tile列表。 在表格的顶部，样品按输入样品表的顺序列出。 样品0指的是未拆分的reads。 下表显示每个tiles上reads拆分到每个样本的百分比。 通常，在所有tiles上针对某一个样本的拆分比例应该是接近的。用户可以利用tile的总结信息明确与特定tile有关的拆分问题。
**图 3：Tile summary 部分显示了按 tile 统计拆分到各个样本的 reads 百分比。**
DemuxSummaryF1L#.txt文件（图4）的第二部分列出了前1000个比较多的未拆分的index序列以及对应的数目（或者说分配到每个index序列的cluster的数目）
**图4：DemuxSummaryF1L#.txt文件中index序列部分截图，该部分列出了前1000个没有拆分到样本的index序列**
当遇到拆分问题时，可以使用此列表将预期index序列（SampleSheet中）和测序测到的实际序列进行比较。
这些列表可以揭示一些低拆分比例的常见原因：
* 在样本表（SampleSheet.csv）输入了错误方向的index序列
* 在样本表中输入了错误的index（比如Nextera vs TruSeq UD或者index A001 vs index A006）
* 不同lane的样本发生了混合
* index测序质量差
* 序列中含有Ns，N是指碱基检出软件不能识别该位置的碱基
* 对于[单通道](https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/techspotlights/cmos-tech-note-770-2013-054.pdf)测序仪器（iSeq）和[双通道](https://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/sequencing-technology/2-channel-sbs.html) （MiniSeq，NextSeq 500/550以及NovaSeq），Poly-G序列说明没有读取到index序列。poly-G序列是典型的Phix序列，这是因为Phix序列是没有index的。
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