# Illumina测序平台上每个测序步骤的运行时间预测

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Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外，使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间，表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。

| 仪器                          | 测序仪器上簇生成                                                               | 每个循环的时间(分钟)                                        | 模板构建暂停时间\* | 双端测序反转时间                                       | 运行后清洗/维护清洗                                                               |
| --------------------------- | ---------------------------------------------------------------------- | -------------------------------------------------- | ---------- | ---------------------------------------------- | ------------------------------------------------------------------------ |
| iSeq 100                    | 5小时                                                                    | 2.2                                                | N/A        | 52 分钟                                          | 无需清洗                                                                     |
| MiniSeq                     | 90分钟                                                                   | 3.5                                                | 运行继续       | 60 分钟                                          | 75分钟                                                                     |
| <p>MiniSeq</p><p>(快速运行)</p> | <p>整体运行时间：</p><p>单index, 1x 101 -5.1小时</p><p>双index, 1x 101 -5.7小时</p> | N/A                                                | 运行继续       | N/A                                            | N/A                                                                      |
| MiSeq v2                    | 60分钟                                                                   | <p>Nano = 2.5</p><p>Micro = 3</p><p>Full = 4.5</p> | 运行继续       | 31 分钟                                          | 运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟                                            |
| MiSeq v3                    | 70分钟                                                                   | 6                                                  | 运行继续       | 50 分钟                                          | 运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟                                            |
| MiSeq i100系列                | \~ 120分钟                                                               | \~ 1分钟                                             | N/A        | \~ 60 分钟                                       | N/A                                                                      |
| NextSeq 500/550 (中通和高通试剂)   | 2.5小时                                                                  | 4.6                                                | 运行继续       | 60 分钟                                          | 90分钟                                                                     |
| NextSeq 1000/2000 P1-标准     | 3.75小时                                                                 | 2.5                                                | N/A        | 40 分钟                                          | <p>可选择性清除试剂：</p><p>1.5小时\*\*</p>                                         |
| NextSeq 1000/2000 P2-标准     | 4小时                                                                    | 4.7                                                | N/A        | 40 分钟                                          | <p>可选择性清除试剂：</p><p>1.5小时\*\*</p>                                         |
| NextSeq 1000/2000 P3-标准     | 4小时                                                                    | 8.4                                                | N/A        | 45 分钟                                          | <p>可选择性清除试剂：</p><p>3小时\*\*</p>                                           |
| NextSeq 1000/2000 P1-XLEAP  | 4小时                                                                    | 1.7                                                | N/A        | 74 分钟                                          | 可选择性清除试剂：1.3-3.2小时\*\*                                                   |
| NextSeq 1000/2000 P2- XLEAP | 4小时                                                                    | 3.4                                                | N/A        | 74 分钟                                          | <p>可选择性清除试剂：</p><p>1-3.2小时\*\*</p>                                       |
| NextSeq 1000/2000 P3- XLEAP | 5小时                                                                    | 6.4                                                | N/A        | 80 分钟                                          | 可选择性清除试剂：1.4-2.7小时\*\*                                                   |
| NextSeq 1000/2000 P4- XLEAP | 5小时                                                                    | 7.4                                                | N/A        | 80 分钟                                          | 可选择性清除试剂：1.4-2.7小时\*\*                                                   |
| NovaSeq 6000                | 180分钟¤                                                                 | <p>SP/S1 = 3.5<br>S2 = 5<br>S4 = 6.75</p>          | N/A        | 48 分钟                                          | <p>运行后清洗=80 分钟</p><p>维护清洗=80分钟</p>                                       |
| NovaSeq X系列                 | <p>1.5B = 5小时<br>10B = 4.8小时<br>25B = 5.8小时</p>                        | <p>1.5B = 2.2分钟<br>10B = 2.7分钟<br>25B = 6.1分钟</p>  | N/A        | <p>1.5B = 67分钟<br>10B = 48分钟<br>25B = 84分钟</p> | <p>运行后清洗=110 分钟(1.5B流动槽清洗耗时180 分钟)</p><p>维护清洗=180分钟(1.5B流动槽不可用于维护清洗)</p> |

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表1：每台测序仪和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间 
* 模板构建时间会根据簇密度而变化 
¤ XP的工作流程大约是150分钟，因为省略了ExAmp的步骤
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环 
** 清除试剂的时间根据循环次数而变化
```

### 预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理，或者网络定位速度很慢，运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间，以及其他测序运行规格，可以在 [Illumina Sequencing Platforms](https://www.illumina.com/systems/sequencing-platforms.html) 上找到。

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