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Illumina测序平台上每个测序步骤的运行时间预测

Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外,使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间,表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。
仪器
cBot上 簇生成
测序仪器上簇生成
每个循环的时间(分钟)
模板构建暂停时间**
双端测序反转时间
快速清洗/手动或者维护清洗(分钟)
iSeq 100
N/A
5小时
2.2
N/A
52 分钟
无需清洗
MiniSeq
N/A
90分钟
3.5
测序继续
60 分钟
20 / 75
MiSeq v2
N/A
60分钟
4.5 (Micro = 3 Nano = 2.5)
测序继续
31 分钟
运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟
MiSeq v3
N/A
70分钟
6
测序继续
50 分钟
运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟
NextSeq 500/550
N/A
2.5小时
4.6
测序继续
60 分钟
20 / 90
NextSeq 1000/2000
N/A
4小时
5
N/A
45 分钟
可选择性清除试剂:3小时
HiSeq 2500 RRv2 OBCG*
N/A
1.5小时
7
1.5 - 2 小时
1 小时
15 / 60
HiSeq 2500 RRv2 w/ cBot
1 小时 (只传递模板,没有进行桥式扩增)
1.5小时
7
1.5 - 2 小时
1 小时
15 / 60
HiSeq 2500 TruSeq v3
< 5 小时
N/A
53 67 (如果同时运行两张芯片)
4 - 8 小时
4.5 小时
20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
HiSeq 2500 HiSeq v4
2 小时
N/A
19 30 (如果同时运行两张芯片)
5 - 6 小时
3 小时
20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
HiSeq 3000/4000
双端3小时
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">单端4小时</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">12<span style="line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">#</span><br> 16<span style="line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">#</span> (如果同时运行两张芯片)</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">2.5 小时</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1" valign="top">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">20(清洗限于位置1-8)或者<br> 60 / 130</span></span></p>
</td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">HiSeq X v2.5</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">3小时</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">12<span style="line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">#</span></span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">2.5 小时</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1" valign="top">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">20(清洗限于位置1-8)或者<br> 60 / 130</span></span></p>
</td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">NovaSeq</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">130<span style="line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">¤</span>分钟</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">SP/S1 = 3.5<br> S2 = 5<br> S4 = 6.75</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">N/A</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">48 分钟</span></span></p>
</td><td colspan="1" rowspan="1">
<p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;"><span style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;">80</span></span></p>
</td></tr></tbody></table>
表1:每台仪器和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间
* OBCG = 测序仪器上进行簇生成
** 模板构建时间会根据簇密度而变化
¤ XP工作流程大约115分钟,因为ExAmp步骤被跳过了
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环
预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理,或者网络定位速度很慢,运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间,以及其他测序运行规格,可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7137), contact Illumina Technical Support [email protected].
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