Illumina测序平台上每个测序步骤的运行时间预测

Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外，使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间，表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。

仪器	测序仪器上簇生成	每个循环的时间(分钟)	模板构建暂停时间*	双端测序反转时间	运行后清洗/维护清洗
iSeq 100	5小时	2.2	N/A	52 分钟	无需清洗
MiniSeq	90分钟	3.5	运行继续	60 分钟	75分钟
MiniSeq (快速运行)	整体运行时间： 单index, 1x 101 -5.1小时 双index, 1x 101 -5.7小时	N/A	运行继续	N/A	N/A
MiSeq v2	60分钟	Nano = 2.5 Micro = 3 Full = 4.5	运行继续	31 分钟	运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
MiSeq v3	70分钟	6	运行继续	50 分钟	运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
MiSeq i100系列	~ 120分钟	~ 1分钟	N/A	~ 60 分钟	N/A
NextSeq 500/550 (中通和高通试剂)	2.5小时	4.6	运行继续	60 分钟	90分钟
NextSeq 1000/2000 P1-标准	3.75小时	2.5	N/A	40 分钟	可选择性清除试剂： 1.5小时**
NextSeq 1000/2000 P2-标准	4小时	4.7	N/A	40 分钟	可选择性清除试剂： 1.5小时**
NextSeq 1000/2000 P3-标准	4小时	8.4	N/A	45 分钟	可选择性清除试剂： 3小时**
NextSeq 1000/2000 P1-XLEAP	4小时	1.7	N/A	74 分钟	可选择性清除试剂：1.3-3.2小时**
NextSeq 1000/2000 P2- XLEAP	4小时	3.4	N/A	74 分钟	可选择性清除试剂： 1-3.2小时**
NextSeq 1000/2000 P3- XLEAP	5小时	6.4	N/A	80 分钟	可选择性清除试剂：1.4-2.7小时**
NextSeq 1000/2000 P4- XLEAP	5小时	7.4	N/A	80 分钟	可选择性清除试剂：1.4-2.7小时**
NovaSeq 6000	180分钟¤	SP/S1 = 3.5 S2 = 5 S4 = 6.75	N/A	48 分钟	运行后清洗=80 分钟 维护清洗=80分钟
NovaSeq X系列	1.5B = 5小时 10B = 4.8小时 25B = 5.8小时	1.5B = 2.2分钟 10B = 2.7分钟 25B = 6.1分钟	N/A	1.5B = 67分钟 10B = 48分钟 25B = 84分钟	运行后清洗=110 分钟(1.5B流动槽清洗耗时180 分钟) 维护清洗=180分钟(1.5B流动槽不可用于维护清洗)

表1：每台测序仪和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间 
* 模板构建时间会根据簇密度而变化 
¤ XP的工作流程大约是150分钟，因为省略了ExAmp的步骤
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环 
** 清除试剂的时间根据循环次数而变化

预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理，或者网络定位速度很慢，运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间，以及其他测序运行规格，可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。

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