Illumina测序平台上每个测序步骤的运行时间预测

Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外，使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间，表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。

仪器	cBot上簇生成	测序仪器上簇生成	每个循环的时间(分钟)	模板构建暂停时间*	双端测序反转时间	运行后清洗/维护清洗
iSeq 100	N/A	5小时	2.2	N/A	52 分钟	无需清洗
MiniSeq	N/A	90分钟	3.5	测序继续	60 分钟	75分钟
MiSeq v2	N/A	60分钟	Nano = 2.5 Micro = 3 Full = 4.5	测序继续	31 分钟	运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
MiSeq v3	N/A	70分钟	6	测序继续	50 分钟	运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
NextSeq 500/550	N/A	2.5小时	4.6	测序继续	60 分钟	90分钟
NextSeq 1000/2000 P1-标准	N/A	3.75小时	2.5	N/A	40 分钟	可选择性清除试剂： 1.5小时**
NextSeq 1000/2000 P2-标准	N/A	4小时	4.7	N/A	40 分钟	可选择性清除试剂： 1.5小时**
NextSeq 1000/2000 P3-标准	N/A	4小时	8.4	N/A	45 分钟	可选择性清除试剂： 3小时**
NextSeq 1000/2000 P1-XLEAP	N/A	4小时	1.7	N/A	74 分钟	可选择性清除试剂：1.3-3.2小时**
NextSeq 1000/2000 P2- XLEAP	N/A	4小时	3.4	N/A	74 分钟	可选择性清除试剂： 1-3.2小时**
NextSeq 1000/2000 P3- XLEAP	N/A	5小时	6.4	N/A	80 分钟	可选择性清除试剂：1.4-2.7小时**
NextSeq 1000/2000 P4- XLEAP	N/A	5小时	7.4	N/A	80 分钟	可选择性清除试剂：1.4-2.7小时**
HiSeq 2500 Rapid Run v2	N/A	1.5小时	7	1.5 - 2 小时	1 小时	水洗=15 分钟 维护清洗=90 分钟
HiSeq 2500 Rapid Run v2 (cBot)	1 小时	1.5小时	7	1.5 - 2 小时	1 小时	水洗=15 分钟 维护清洗=90 分钟
HiSeq 2500 TruSeq v3	5 小时	N/A	单面运行=53 两面运行=67	4 - 8 小时	4.5 小时	20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
HiSeq 2500 HiSeq v4	2 小时	N/A	单面运行=19 两面运行=30	5 - 6 小时	3 小时	20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
HiSeq 3000/4000	单端4小时 双端3小时	N/A	单面运行=12 # 两面运行=16 #	N/A	2.5 小时	20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
HiSeq X v2.5	3小时	N/A	12 #	N/A	2.5 小时	20(清洗限于位置1-8)或者 60 / 130
NovaSeq 6000	N/A	130分钟¤	SP/S1 = 3.5 S2 = 5 S4 = 6.75	N/A	48 分钟	运行后清洗=80 分钟 维护清洗=80分钟
NovaSeq X/X Plus	N/A	4.6小时	10B =2.8	N/A	50 分钟	运行后清洗=110 分钟 维护清洗=180分钟

表1：每台仪器和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间 
* 模板构建时间会根据簇密度而变化 
¤ XP的工作流程大约是115分钟，因为省略了ExAmp的步骤
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环 
** 清除试剂的时间根据循环次数而变化

预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理，或者网络定位速度很慢，运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间，以及其他测序运行规格，可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。

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