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Illumina非Pattern Flow Cell测序平台簇密度推荐指南

簇密度是决定测序中能否获得最佳的测序质量和数据量的重要因素。下表是根据平衡文库(例如phix 文库)的结果,列出的各平台原始簇密度推荐值:
测序平台
模式/试剂
原始簇密度理想值
HiSeq
High Output, v3
750-850 K/mm2
High Output, v4
950-1050 K/mm2
Rapid Run, v2
850-1000 K/mm2
MiSeq
v2
1000-1200 K/mm2
v3
1200-1400 K/mm2
MiniSeq
Mid and High Output
170-220 K/mm2
NextSeq 500/550
Mid and High Output
170-220 K/mm2
其中iSeq 100, NextSeq 1000/2000, HiSeq 3000, HiSeq 4000, HiSeq X, NovaSeq 6000测序平台使用的Flow Cell为Pattern Flow Cell, 这种类型的Flow Cell即使是上面所有纳米孔都没有成簇,簇密度也都为同一固定值。在使用这些平台时可以通过Cluster PF(%)对Cluster Occupancy做出初步的判断。
详情请参阅以下资料:
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