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Illumina非Pattern Flow Cell测序平台簇密度推荐指南
簇密度是决定测序中能否获得最佳的测序质量和数据量的重要因素。下表是根据平衡文库（例如phix 文库）的结果，列出的各平台原始簇密度推荐值：
测序平台 | 模式/试剂 | 原始簇密度理想值 |
HiSeq | High Output, v3 | 750-850 K/mm2 |
High Output, v4 | 950-1050 K/mm2 | |
Rapid Run, v2 | 850-1000 K/mm2 | |
MiSeq | v2 | 1000-1200 K/mm2 |
v3 | 1200-1400 K/mm2 | |
MiniSeq | Mid and High Output | 170-220 K/mm2 |
NextSeq 500/550 | Mid and High Output | 170-220 K/mm2 |
其中iSeq 100, NextSeq 1000/2000, HiSeq 3000, HiSeq 4000, HiSeq X, NovaSeq 6000测序平台使用的Flow Cell为Pattern Flow Cell, 这种类型的Flow Cell即使是上面所有纳米孔都没有成簇，簇密度也都为同一固定值。在使用这些平台时可以通过Cluster PF(%)对Cluster Occupancy做出初步的判断。
详情请参阅以下资料:
- 通过绘制% Occupied和% Pass Filter散点图，优化NovaSeq 6000和iSeq 100测序平台的上样浓度
- 提高HiSeq 3000/4000/X5/X10 patterned flow cells簇通过率（passing filter）和产量的最佳操作
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7415), contact Illumina Technical Support [email protected]. |
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