Illumina非Pattern Flow Cell测序平台簇密度推荐指南

簇密度是决定测序中能否获得最佳的测序质量和数据量的重要因素。下表是根据平衡文库（例如phix 文库）的结果，列出的各平台原始簇密度推荐值：

测序平台	模式/试剂	原始簇密度理想值
HiSeq	High Output, v3	750-850 K/mm2
High Output, v4	950-1050 K/mm2
Rapid Run, v2	850-1000 K/mm2
MiSeq	v2	1000-1200 K/mm2
v3	1200-1400 K/mm2
MiniSeq	Mid and High Output	170-220 K/mm2
NextSeq 500/550	Mid and High Output	170-220 K/mm2

其中iSeq 100, NextSeq 1000/2000, HiSeq 3000, HiSeq 4000, HiSeq X, NovaSeq 6000测序平台使用的Flow Cell为Pattern Flow Cell, 这种类型的Flow Cell即使是上面所有纳米孔都没有成簇，簇密度也都为同一固定值。在使用这些平台时可以通过Cluster PF(%)对Cluster Occupancy做出初步的判断。

详情请参阅以下资料:

• 通过绘制% Occupied和% Pass Filter散点图，优化NovaSeq 6000和iSeq 100测序平台的上样浓度

• 提高HiSeq 3000/4000/X5/X10 patterned flow cells簇通过率（passing filter）和产量的最佳操作

• Calculating Percent Passing filter for Patterned and Nonpatterned Flow Cells

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