Illumina测序平台测试Run中PhiX的上机浓度

PhiX测试Run是Illumina用来确认测序仪硬件和软件是否可以正常工作的实验方法。这里所用的PhiX参照文库基因组碱基的平衡性很好，A，T，C，G四种碱基的比例相对均一。Illumina 目前提供两种类型的PhiX产品可供用户选择。

PhiX Control v3 , 该文库没有Index 不适用于Index 测序的性能评估。这种推荐用于验证运行(validations runs)。更多信息可以点击查看PhiX Control v3文库是什么，它在Illumina下一代测序中起到什么作用？

PhiX Indexed Control. 这种 PhiX 不推荐用于验证运行(validations runs)。 更多信息可以点击查看PhiX Indexed Control (1000 Cycle) Product Information

测试时, 确保PhiX参照文库的簇密度落在最佳范围内对测试结果的准确性非常重要。请参考下面表格了解不同测序平台PhiX的上机浓度和簇密度建议（这些推荐的参数是基于PhiX control v3 ）：

测序平台	最佳上机浓度	最佳原始簇密度
iSeq 100	100 pM	N/A*
MiniSeq	1.4 pM	170-220K clusters/mm2
MiSeq v2 reagents	12.5 pM	1000-1200K clusters/mm2
MiSeq v3 reagents	20 pM	1200-1400K clusters/mm2
NextSeq 500/550 High Output reagents	1.8 pM	170-220K clusters/mm2
NextSeq 500/550 Mid Output reagents	1.5 pM	170-220K clusters/mm2
NextSeq 1000/2000 (Onboard, Standard chemistry, XLEAP chemistry P1/P2)	650 pM**	N/A*
NextSeq 2000 (Onboard, XLEAP chemistry, P3/P4 and 600-cycle P1/P2)	450 pM**	N/A*
NovaSeq 6000 - Standard Workflow	250 pM**	N/A*
NovaSeq 6000 - XP Workflow	100 pM**	N/A*
NovaSeq X - 1.5B/10B	140 pM**	N/A*
NovaSeq X - 25B	140 pM**	N/A*
MiSeq i100	120 pM**	N/A*

*Patterned flow cells上面都有固定量的纳米孔，所以不同的run显示的簇密度都是相同的。如需评估簇密度情况，推荐通过绘制 %Occupied 与 %PF 关系图查看。

**为最终的上机浓度

对于PhiX测试Run，测序读长和参数可以根据实验目的进行调整，但是请注意Read1和Read2必须至少是26个Cycles，这样仪器上的数据分析软件才能生成质量分数（Quality Scores）。

有关为Illumina测序平台准备PhiX测试Run的更多信息，请参见以下文档:

• iSeq 100 Sequencing System Guide

• MiniSeq System Denature and Dilute Libraries Guide

• Denature and Dilute Protocol Generator (for MiSeq, NextSeq 500/550, NextSeq 1000/2000, NovaSeq 6000, MiSeq i100 and NovaSeq X Plus instruments)

• MiSeq i100 Series Product Documentation

备注: 推荐对Phix 原管储存液进行Qubit 或qPCR定量后再稀释到需要的浓度使用。

For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7139), contact Illumina Technical Support [email protected].