Illumina测序平台测试Run中PhiX的上机浓度
PhiX测试Run是Illumina用来确认测序仪硬件和软件是否可以正常工作的实验方法。这里所用的PhiX参照文库基因组碱基的平衡性很好,A,T,C,G四种碱基的比例相对均一。由于PhiX文库没有Index序列,因此不能用来评估Index测序的性能。
测试时, 确保PhiX参照文库的簇密度落在最佳范围内对测试结果的准确性非常重要。请参考下面表格了解不同测序平台PhiX的上机浓度和簇密度建议:
*为未变性pre-ExAmp 的浓度
**Patterned flow cells上面都有固定量的纳米孔,所以不同的run显示的簇密度都是相同的。
***为最终的上机浓度
对于PhiX测试Run,测序读长和参数可以根据实验目的进行调整,但是请注意Read1和Read2必须至少是26个Cycles,这样仪器上的数据分析软件才能生成质量分数(Quality Scores)。
有关为illumina测序平台准备PhiX测试Run的更多信息,请参见以下文档:
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