Illumina测序平台测试Run中PhiX的上机浓度
PhiX测试Run是Illumina用来确认测序仪硬件和软件是否可以正常工作的实验方法。这里所用的PhiX参照文库基因组碱基的平衡性很好，A，T，C，G四种碱基的比例相对均一。由于PhiX文库没有Index序列，因此不能用来评估Index测序的性能。
测试时, 确保PhiX参照文库的簇密度落在最佳范围内对测试结果的准确性非常重要。请参考下面表格了解不同测序平台PhiX的上机浓度和簇密度建议：
测序平台
最佳上机浓度
最佳原始簇密度
iSeq 100
100 pM
N/A**
MiniSeq
1.4 pM
170-220K clusters/mm2
MiSeq v2 reagents
12.5 pM
1000-1200K clusters/mm2
MiSeq v3 reagents
20 pM
1200-1400K clusters/mm2
NextSeq 500/550 High Output reagents
1.5 pM
170-220K clusters/mm2
NextSeq 500/550 Mid Output reagents
1.5 pM
170-220K clusters/mm2
NextSeq 1000/2000
650 pM
N/A**
HiSeq 2000/2500 High Output v3
12 pM
750-850K clusters/mm2
HiSeq 2000/2500 High Output v4
18 pM
950-1050K clusters/mm2
HiSeq 2500 Rapid Run v2
12 pM
850-1000K clusters/mm2
HiSeq 3000/4000
2-3 nM*
N/A**
NovaSeq - Standard Workflow
250 pM***
N/A**
NovaSeq - XP Workflow
100 pM***
N/A**
*为未变性pre-ExAmp 的浓度
**Patterned flow cells上面都有固定量的纳米孔，所以不同的run显示的簇密度都是相同的。
***为最终的上机浓度
对于PhiX测试Run，测序读长和参数可以根据实验目的进行调整，但是请注意Read1和Read2必须至少是26个Cycles，这样仪器上的数据分析软件才能生成质量分数（Quality Scores）。
有关为illumina测序平台准备PhiX测试Run的更多信息，请参见以下文档:
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7139), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com.
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