# Local Run Manager 如何利用不完整的测序结果生成FASTQ文件
\
[Local Run Manager](http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager.html)是Illumina台式测序仪iSeq 100、MiniSeq、MiSeq和NextSeq 500/550集成测序规划和分析的软件。Local Run Manager也可以在单独的计算机上进行仪器外安装。即使测序没有完成，也可以利用台式测序仪器的测序数据生成FASTQ文件。通过Local Run Manager利用未完成的测序数据生成FASTQ文件，请按照以下步骤进行。
**在开始之前:**
* 确认在测序文件夹的BaseCalls目录下最后一个有一套完整BCL文件的测序循环数。每个测序循环的BCL文件数量会因仪器而异。如果测序因运行性能问题而提前终止，请先在[Sequencing Analysis Viewer](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html) 中查看运行，以确定最后一个具有高质量碱基的循环数。
* 如果在仪器上使用机载Local Run Manager，需确保仪器没有正在运行的测序。
* 如果使用BaseSpace™ Sequence Hub进行分析和FASTQ生成，而不是使用Local Run Manager，请发邮件到寻求技术支持的帮助。
* 如果测序在Index Reads读取之前就停止了，那么就无法进行数据拆分和样品识别，也就不能获得特定样本的数据。
* 确保目前测序文件夹中**没有**RTAcomplete.txt文件。
**要采取的步骤:**
1. 确定最后完成和可用的循环数。计算一共成功完成和提取了多少个测序循环，以及测序循环的分类是什么。例如，原来的测序运行设置的是150个循环的双端测序，8个循环的双端Index，最后一个可用的循环是第216个循环。新的分析则细分为：Read 1为150个循环，Index 1为8个循环，Index 2为8个循环，Read 2为50个循环。
2. 备份测序文件夹中的原始**RunInfo.xml**文件，如果有**SampleSheet.csv**的话，也请备份原始**SampleSheet.csv**文件，复制它们并重命名为**RunInfo.xml.BAK**和**SampleSheet.csv.BAK**。使用普通文本编辑器（如Notepad），编辑测序文件夹中RunInfo.xml文件的\部分，以便只使用到最后一个可用循环的数据。例如:
3. 原始的RunInfo.xml:
\ \ \ \ \\
2. 编辑后的RunInfo.xml:
\ \ \ \ \\**注意:** 如果Read 1没有测序完成，样本数据将不能被拆分，但仍然可以为Read 1生成一个未拆分的FASTQ。在这种情况下，需要删除RunInfo.xml文件中Read Number="1 "之后的条目。
3. **可选:** 如果测序文件夹中有SampleSheet.csv文件，请编辑\[Reads]部分以匹配RunInfo.xml文件中的新的Reads分配，并在步骤5中将SampleSheet文件导入[Local Run Manager](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager.html)。MiniSeq的[Local Run Manager v1](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager-for-miniseq.html)没有SampleSheet文件导入选项。
4. 从一个成功完成的测序文件夹中复制一个RTAComplete.txt文件，并将其粘贴到即将用于分析的测序文件夹中。
5. 使用适当的分析模块在Local Run Manager中创建一个新的运行，并遵循技术公告“[Local Run Manager: 如何对已经完成的测序进行重新分析（Requeue）](https://knowledge.illumina.com/software/on-instrument-analysis-software/software-on-instrument-analysis-software-reference_material-list/000007141)”中有关**通过导入数据来使用其他模块进行重新分析**的说明。如果使用Local Run Manager界面来设置新的测序运行，请根据第2步中修改的RunInfo.xml文件设置测序读长，并输入您的样品信息。对于Local Run Manager v2、v3和v4，您可以通过导入修改后的SampleSheet来代替手动输入。
6. 测序数据导入后，分析将自动开始。
\
\
\
| |
| :-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------: |
| *For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7112), contact Illumina Technical Support* [*techsupport@illumina.com*](mailto:techsupport@illumina.com?subject=Question%2FFeedback%20Regarding%20Illumina%20Knowledge%20Article%20#000007112%20-%20Software%20\&body=Dear%20Illumina%20Technical%20Support,%0D%0A%0D%0A)*.* |
---
# Agent Instructions: Querying This Documentation
If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question.
Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter:
```
GET https://knowledge.illumina.com/software/on-instrument-analysis-software/software-on-instrument-analysis-software-reference_material-list/000007112.md?ask=
```
The question should be specific, self-contained, and written in natural language.
The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.
Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.