# Local Run Manager 如何利用不完整的测序结果生成FASTQ文件

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[Local Run Manager](http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager.html)是Illumina台式测序仪iSeq 100、MiniSeq、MiSeq和NextSeq 500/550集成测序规划和分析的软件。Local Run Manager也可以在单独的计算机上进行仪器外安装。即使测序没有完成，也可以利用台式测序仪器的测序数据生成FASTQ文件。通过Local Run Manager利用未完成的测序数据生成FASTQ文件，请按照以下步骤进行。

**在开始之前:**

* 确认在测序文件夹的BaseCalls目录下最后一个有一套完整BCL文件的测序循环数。每个测序循环的BCL文件数量会因仪器而异。如果测序因运行性能问题而提前终止，请先在[Sequencing Analysis Viewer](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html) 中查看运行，以确定最后一个具有高质量碱基的循环数。
* 如果在仪器上使用机载Local Run Manager，需确保仪器没有正在运行的测序。
* 如果使用BaseSpace™ Sequence Hub进行分析和FASTQ生成，而不是使用Local Run Manager，请发邮件到<chinasupport@illumina.com>寻求技术支持的帮助。
* 如果测序在Index Reads读取之前就停止了，那么就无法进行数据拆分和样品识别，也就不能获得特定样本的数据。
* 确保目前测序文件夹中**没有**RTAcomplete.txt文件。

**要采取的步骤:**

1. 确定最后完成和可用的循环数。计算一共成功完成和提取了多少个测序循环，以及测序循环的分类是什么。例如，原来的测序运行设置的是150个循环的双端测序，8个循环的双端Index，最后一个可用的循环是第216个循环。新的分析则细分为：Read 1为150个循环，Index 1为8个循环，Index 2为8个循环，Read 2为50个循环。
2. 备份测序文件夹中的原始**RunInfo.xml**文件，如果有**SampleSheet.csv**的话，也请备份原始**SampleSheet.csv**文件，复制它们并重命名为**RunInfo.xml.BAK**和**SampleSheet.csv.BAK**。使用普通文本编辑器（如Notepad），编辑测序文件夹中RunInfo.xml文件的\<Reads>部分，以便只使用到最后一个可用循环的数据。例如:
3. 原始的RunInfo.xml:

\<Reads>   \<Read Number="1" NumCycles="150" IsIndexedRead="N" />   \<Read Number="2" NumCycles="8" IsIndexedRead="Y" />   \<Read Number="3" NumCycles="8" IsIndexedRead="Y" />   \<Read Number="4" NumCycles="150" IsIndexedRead="N" />\</Reads>

2. 编辑后的RunInfo.xml:

\<Reads>   \<Read Number="1" NumCycles="150" IsIndexedRead="N" />   \<Read Number="2" NumCycles="8" IsIndexedRead="Y" />   \<Read Number="3" NumCycles="8" IsIndexedRead="Y" />   \<Read Number="4" NumCycles="**50**" IsIndexedRead="N" />\</Reads>**注意:** 如果Read 1没有测序完成，样本数据将不能被拆分，但仍然可以为Read 1生成一个未拆分的FASTQ。在这种情况下，需要删除RunInfo.xml文件中Read Number="1 "之后的条目。

3. **可选:** 如果测序文件夹中有SampleSheet.csv文件，请编辑\[Reads]部分以匹配RunInfo.xml文件中的新的Reads分配，并在步骤5中将SampleSheet文件导入[Local Run Manager](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager.html)。MiniSeq的[Local Run Manager v1](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager-for-miniseq.html)没有SampleSheet文件导入选项。
4. 从一个成功完成的测序文件夹中复制一个RTAComplete.txt文件，并将其粘贴到即将用于分析的测序文件夹中。
5. 使用适当的分析模块在Local Run Manager中创建一个新的运行，并遵循技术公告“[Local Run Manager: 如何对已经完成的测序进行重新分析（Requeue）](https://knowledge.illumina.com/software/on-instrument-analysis-software/software-on-instrument-analysis-software-reference_material-list/000007141)”中有关**通过导入数据来使用其他模块进行重新分析**的说明。如果使用Local Run Manager界面来设置新的测序运行，请根据第2步中修改的RunInfo.xml文件设置测序读长，并输入您的样品信息。对于Local Run Manager v2、v3和v4，您可以通过导入修改后的SampleSheet来代替手动输入。
6. 测序数据导入后，分析将自动开始。

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