Adapter dimers的形成原因、影响及去除方法

什么是Adapter Dimers？

如果在使用基于芯片的毛细管电泳仪（如BioAnalyzer或Fragment Analyzer），或使用琼脂糖凝胶对测序文库进行质量检测时，在120-170bp处意外出现一个小峰，表明存在Adapter Dimers (图 1).

Adapter Dimers包括全长的Adapter序列，能够结合流动槽（Flow Cell）并成簇，产生测序数据。相比之下，Primer Dimers不包含完整的Adapter序列，不能结合在流动槽上并成簇，所以不能产生测序数据。

引起Adapter Dimers的可能原因有哪些？

• 起始投入量不足

起始核酸投入量过低会增加Adapter Dimer的形成。为了保证投入量的准确性，建议使用基于荧光检测的方法进行定量，使用工作流程中推荐的投入量范围可最大限度地减少Adapter Dimers出现在最终用于上机的文库中。

• 起始核酸质量差

对于某些流程，不建议使用片段化或降解的核酸进行建库。文库制备方法中使用降解的核酸进行建库，可能会与试剂盒不兼容，从而形成Adapter Dimers。

• 磁珠纯化效率低

在使用磁珠进行纯化时，遵循最佳操作时比较关键的，这样可以确保筛选出合适的片段，并保证去除在文库制备期间可能形成的Adapter Dimers。

为什么去除Adapter Dimers如此重要？

Adapter Dimers中包含完整的Adapter序列，所以它们可以成簇和测序。由于Adapter Dimers片段比较小，相对目标片段而言具有更高的成簇效率。相对于目标文库的定量比例，Adapter Dimers可以占据相当大一部分测序数据。此外，Adapter Dimers还会对测序数据质量产生负面影响，甚至可能导致运行提前停止（图2）。

如何去除Adapter Dimers？

如果文库中含有Adapter Dimers，可以使用其他的磁珠（AMPure XP、SPRI或样本纯化磁珠SPB）纯化或胶回收纯化。二轮磁珠纯化会降低文库产量，通常推荐的0.8X-1X的磁珠比例可以去除不想要的Adapter Dimers。

Adapter Dimers是什么样的？

图 1. BioAnalyzer 电泳图显示文库在126bp处有一个Adapter Dimers的峰

图 2. 如果Adapter Dimers在测序期间出现，会在SAV或BaseSpace中的碱基百分比（%Base）图中显示。Adapter Dimers具有以下特征：

1. 一个低多样性的区域

2. Index区域

3. 另一个低多样性区域

4. 当Adapter序列结束并且测到Flow Cell的序列时，"A"碱基增加。这里增加的A碱基也可能是G碱基，取决于使用的测序平台。

根据Adapter Dimer与目标文库片段的比例不同，调用模式也有所不同。也就是说，当Run中出现的Adapter Dimers的比例较低时，可能难以识别出来。

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