# Illumina 测序平台的最大读长

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Illumina平台和测序试剂盒支持多种 [测序应用](https://emea.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/plan-experiments/read-length.html) 。 为了保证最高水平的测序质量，Illumina不同测序平台以及不同的SBS试剂盒版本支持的最大读长有所不同，相关信息请参阅 [我所购买的SBS试剂盒最多能够满足多少个循环的测序？](https://knowledge.illumina.com/instrumentation/general/instrumentation-general-reference_material-list/000007400) 技术文档。利用本地运行管理软件（ [Local Run Manager，LRM](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-run-manager.html)）或仪器控制软件（Control Software）设置测序运行时，可以选择更长的读长。但是当read长度超过支持的长度时，Illumina将无法保证较高的数据质量。  \
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**表 1.** 测序平台和SBS试剂盒支持的最大读长

![](https://761066130-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FGM9W2DuBTgEXv1ClCm8H%2Fuploads%2Fgit-blob-a72fb05638d48333155f2bbd2147333415d86a9c%2Fimage1.png?alt=media)

\* MO: 中通量 / HO: 高通量

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&#x20;**Index Reads的最大读长**\
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* 仪器控制软件：如表2所示，可在某些仪器的运行设置期间输入自定义Index读长：
* LRM v2：Index读长最多可以设置100个字符（请参阅：[Local run Manager 2: 如何使用自定义文库制备试剂盒](https://emea.support.illumina.com/bulletins/2018/04/local-run-manager-2--how-to-use-a-custom-library-prep-kit.html)技术文档）。
* LRM v3：最多输入20个字符。如果需要20-100 bp读长，请选择手动上机模式。
* LRM v4：最多输入20个字符。如果需要20-1000 bp读长，请选择手动上机模式。
* 为确保Index Reads的测序质量，请勿超过Index支持的最大长度。

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**表 2.** 测序平台的最大单个Index长度

![](https://761066130-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FGM9W2DuBTgEXv1ClCm8H%2Fuploads%2Fgit-blob-aefb25df7472b3e6f6a30377756b5a3df484e26d%2Fimage2.png?alt=media)

\*通过云端设置测序运行时，Index长度会受到以下列出的 BCL Convert 限制。\
\*\*Index长度为20-1000bp之间时，通过手动模式设置测序运行，因为LRM V4的上限为20bp。\
\*\*\*手动设置测序运行不在测序仪进行分析的话，Index长度不受软件限制。

**请注意**，BCL Convert对Index长度是有限制的。BCL Convert 4.2以及之前版本，Index总长度不能超过27bp。 BCL Convert 4.3以及之后版本，Index长度限制提高到每个Index最长27bp。

如果使用 BCL Convert 设置override cycle，那么在Index读取中指定的用于 UMIs（U）的碱基将不会计入Index长度的计算中。

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