Illumina 测序平台的最大读长

Illumina平台和测序试剂盒支持多种 测序应用 。 为了保证最高水平的测序质量，Illumina不同测序平台以及不同的SBS试剂盒版本支持的最大读长有所不同，相关信息请参阅 我所购买的SBS试剂盒最多能够满足多少个循环的测序？ 技术文档。利用本地运行管理软件（ Local Run Manager，LRM）或仪器控制软件（Control Software）设置测序运行时，可以选择更长的读长。但是当read长度超过支持的长度时，Illumina将无法保证较高的数据质量。

表 1. 测序平台和SBS试剂盒支持的最大读长

测序平台	SBS试剂盒版本	最大测序读长
iSeq 100	v1	2 x 151 bp
v2	2 x 151 bp
MiniSeq	MO*	2 x 151 bp
HO*	2 x 151 bp
MiSeq	v2	2 x 251 bp
v3	2 x 301 bp
NextSeq 500/550	MO*	2 x 151 bp
HO*	2 x 151 bp
NextSeq 1000/2000	P1, P2	2 x 301 bp
P3, P4	2 x 151 bp
HiSeq 1000/1500/2000/2500	HO* v3	2 x 101 bp
HO* v4	2 x 126 bp
RR** v4	2 x 251 bp
HiSeq 3000/4000	N/A	2 x 151 bp
HiSeq X	N/A	2 x 151 bp
NovaSeq 6000	SP	2 x 251 bp
S1, S2, S4	2 x 151 bp
NovaSeq X/X Plus	10B	2 x 151 bp

* MO: 中通量 / HO: 高通量

** 快速试剂盒

Index Reads的最大读长

• 仪器控制软件：如表2所示，可在某些仪器的运行设置期间输入自定义Index读长：

• LRM v2：Index读长最多可以设置100个字符（请参阅：Local run Manager 2: 如何使用自定义文库制备试剂盒技术文档）。

• LRM v3：最多输入20个字符。如果需要20-100 bp读长，请选择手动上机模式。

• 为确保Index Reads的测序质量，请勿超过Index支持的最大长度。

• 设置运行时，测序的总读长不能超过所用试剂盒最大支持读长。

表 2. 测序平台的最大单个Index长度

测序仪控制软件版本	单index或者双index（最大读长）
iSeq 100	软件不限制
MiniSeq v1.X	20 bp
MiniSeq v2.X	20 bp
MiSeq < v4	软件不限制
MiSeq ≥ v4	100 bp**
NextSeq 500/550 v2 NCS	20 bp
NextSeq 500/550 v4 NCS	20 bp
NextSeq 1000/2000	软件不限制*
HiSeq 2500	软件不限制
HiSeq 3000/4000	软件不限制
HiSeq X	6 bp (单index)/ 2 x 8 bp (双index)
NovaSeq 6000 < v1.6.0	20 bp
NovaSeq 6000 ≥ v1.6.0	软件不限制
NovaSeq X/X Plus v1.0	10 bp***
NovaSeq X/X Plus v1.1	10 bp 本地设置 / 12 bp 云端设置***

*通过云端设置测序运行时，index长度最长为10bp **index长度为20-100bp之间时，通过手动模式设置测序运行，因为LRM V3的上限为20bp ***手动设置测序运行不在测序仪进行分析的话，index长度不受软件限制

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