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Illumina 测序平台的最大读长

Illumina平台和测序试剂盒支持多种 测序应用. 为了保证最高水平的测序质量,Illumina根据测序平台和SBS试剂盒版本支持最长特定的读长,请参阅“ 我所购买的SBS试剂盒最多能够满足多少个循环的测序? 技术文档。在本地运行管理软件( Local Run Manager,LRM)或仪器控制软件(Control Software)运行设置期间,可以选择更长的读长。但是当read长度超过支持的长度,Illumina将无法保证较高的数据质量。
表 1. 测序平台和SBS试剂盒支持的最大读长
测序平台
SBS 试剂盒版本
最大读长
iSeq 100
v1
2 x 151bp
v2
2 x 151bp
MiniSeq
MO*
2 x 151bp
HO*
2 x 151bp
MiSeq
v2
2 x 251bp
v3
2 x 301bp
NextSeq 500/550
MO*
2 x 151bp
HO*
2 x 151bp
NextSeq 1000/2000
P1, P2, P3
2 x 151bp
HiSeq 1000/1500/2000/2500
HO* v3
2 x 101bp
HO* v4
2 x 126bp
RR** v4
2 x 251bp
HiSeq 3000/4000
N/A
2 x 151bp
HiSeq X
N/A
2 x 151bp
NovaSeq 6000
SP
2 x 251bp
S1, S2, S4
2 x 151bp
* MO: 中通量 / HO: 高通量
** 快速试剂盒
Index Reads的最大读长
  • 仪器控制软件:如下表2所示,可在某些仪器的运行设置期间输入自定义Index读长:
  • LRM v2:Index读长最多可以设置100个字符(请参阅:“Local run Manager 2: 如何使用自定义文库制备试剂盒”技术文档)。
  • LRM v3:最多输入20个字符。如果需要20-100 bp读长,请选择手动上机模式。
  • 为确保Index Reads的测序质量,请勿超过Index支持的Reads长度。
表 2. 测序平台的最大单个Index长度
测序平台
单端或双端Index(最大读长)
iSeq 100
软件不限制
MiniSeq v1.X
20 bp
MiniSeq v2.X
20 bp
MiSeq < v4
软件不限制
MiSeq ≥ v4
100 bp**
NextSeq 500/550 v2 NCS
20 bp
NextSeq 500/550 v4 NCS
20 bp
NextSeq 1000/2000*
软件不限制
HiSeq 2500
软件不限制
HiSeq 3000/4000
软件不限制
HiSeq X
单端Index为 6 bp / 双端Index为 2 x 8 bp
NovaSeq 6000 < v1.6.0
20 bp
NovaSeq 6000 ≥ v1.6.0
软件不限制
*在云模式下设置运行时,Index长度限制在10 bp以内。
**对于20-100 bp之间的Index读长,请使用手动上机模式,因为LRM v3的Index读长限制在20 bp以内。
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7102), contact Illumina Technical Support [email protected].
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