Illumina 接头系列
测序的第一步是通过DNA或RNA构建文库。如图1所示，文库中包含DNA插入 片段（DNA Insert），两端各有一个接头。
图1：双index文库片段示意图
接头包含：
- P5和P7序列：允许文库结合且能在flow cell上生成簇的序列
- Rd1 SP和Rd2 SP：启动测序的测序引物结合位点
- Index 1和Index 2：用于样本区 分的index序列，可允许单次测序或单个Flow Cell通道中混合多个样本
Illumina提供多种接头试剂盒来实现更灵活和多样性的index策略，Illumina接头试剂盒之间的差异主要基于支持的样本数量，index的长度和序列，和连接到插入片段的化学方法的不同。
以下表格列出了Illumina接头试剂盒的产品规格：
- 复杂性指每个试剂盒中index序列种类的数量
- Index长度指分别读取index 1和index 2所需的测序循环数量
基于连接方式的接头 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq™ DNA/RNA Single Indexes
Set A and B | 单index
（管装） | 24个样本
（每套12种index） | 6 + 0 | Nextera Mate Pair | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq ChIP-Seq | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA Nano | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA PCR Free | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA Exome | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Methyl Capture EPIC (Set A only) | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq RNA Exome | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq RNA V2 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded mRNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded Total RNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSight RNA Fusion | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSight RNA PanCancer | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA/RNA CD Indexes | 组合双index
（板装） | 96 | 8 + 8 | TruSeq DNA Exome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA Nano | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA PCR Free | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded mRNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded Total RNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IDT for Illumina
- TruSeq DNA/RNA UD Indexes (and v2) | 唯一双index
（板装） | 24 或者 96 | 8 + 8 | TruSeq DNA Exome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA Nano | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq DNA PCR Free | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded mRNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Stranded Total RNA | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSight Tumor 170 and
TruSight Oncology Indexes | 组合双index(DNA),
唯一双index(RNA)
（管装/板装） | 16 | 8 + 8 | TruSight Oncology 500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSight Tumor 170 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
唯一双index
（管装） | 16 | 8 + 8 | TruSight Oncology ctDNA | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AmpliSeq CD Indexes
Set A-D for Illumina | 组合双index
（板装） | 384个样本
（每套96种index） | 8 + 8 | AmpliSeq Panels | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AmpliSeq UD Indexes for Illumina | 唯一双index <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（板装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">24</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">8 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">AmpliSeq Panels</p> </td></tr></tbody></table>
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基于PCR扩增方式连接的接头 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nextera™ DNA CD Indexes | 组合双index
（24种index-管装，96种index-板装） | 24 或者 96 | 8 + 8 | Nextera DNA Exome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illumina DNA Prep,
(M) Tagmentation1 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nextera XT Index Kit v2 Set A-D | 组合双index，兼容磁珠标准化的定量方式 <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">384个样本<br> （每套96种index）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">8 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Nextera XT</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Nextera XT Index Kit</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">组合双index，兼容磁珠的标准化的定量方式</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">24</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">8 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Nextera XT</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSeq Custom Amplicon Index Kit</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">组合双index，兼容磁珠标准化的定量方式</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">96</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">8 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Myeloid Sequencing Panel</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">R7XX/A5XX index kits</p> </td><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">组合双index</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">24</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">6 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Tumor 15</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">48 或者 384个样本<br> （每套96种index）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">6 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSeq Target RNA Expression</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="6"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight™ Rapid Capture Kits</p> </td><td colspan="1" rowspan="6"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">组合双index</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="6"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">1,2,4,24 或者 96</p> </td><td colspan="1" rowspan="6"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">8 + 8</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Cancer</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSeq Neurodegeneration</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Cardio</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Inherited Disease</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight One</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSight Rapid Capture</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="5"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">IDT for Illumina -<br> DNA/RNA UD Indexes Set A-D,<br> Tagmentation<span style="font-size: 10.5px;line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">3</span></p> </td><td colspan="1" rowspan="5"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">唯一双index</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（板装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="5"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">384个样本 （每套96种index）</p> </td><td colspan="1" rowspan="5"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">10 + 10</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina RNA Prep with Enrichment,<br> (L) Tagmentation</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina DNA Prep,<br> (M) Tagmentation<span style="font-size: 10.5px;line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">1</span></p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina DNA Prep with Enrichment,<br> (S) Tagmentation<span style="font-size: 10.5px;line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">2</span></p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Nextera XT</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina DNA PCR-Free Prep,<br> Tagmentation<span style="font-size: 10.5px;line-height: 0;vertical-align: baseline;top: -0.5em;">4</span></p> </td></tr></tbody></table>
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基于连接和PCR扩增方式的接头 | | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D | 单index <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（通过连接的方式添加RNA接头，通过PCR的方式添加index）</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（管装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">48个样本</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（每套12种index）</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">6 + 0</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">TruSeq Small RNA</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">IDT for Illumina RNA UD Indexes<br> Set A-D, Ligation</p> </td><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">唯一双index组合</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（通过连接的方式添加Anchors，通过PCR扩增的方式添加index）</p> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">（板装）</p> </td><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">384个样本<br> （每套96种index）</p> </td><td colspan="1" rowspan="2"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">10 + 10</p> </td><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina Stranded mRNA Prep, Ligation</p> </td></tr><tr><td colspan="1" rowspan="1"> <p style="margin-bottom: 1.5rem;text-align: center;">Illumina Stranded Total RNA Prep,<br> Ligation with Ribo-Zero Plus</p> </td></tr></tbody></table> 1：Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex 2：Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment 3 ：IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D 4 ：Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证 您可以参考以下文档获得更多信息：
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