Illumina 接头系列
测序的第一步是通过DNA或RNA构建文库。如图1所示，文库中包含DNA插入片段（DNA Insert），两端各有一个接头。
图1：双index文库片段示意图
接头包含：
P5和P7序列：允许文库结合且能在flow cell上生成簇的序列
Rd1 SP和Rd2 SP：启动测序的测序引物结合位点
Index 1和Index 2：用于样本区分的index序列，可允许单次测序或单个Flow Cell通道中混合多个样本
Illumina提供多种接头试剂盒来实现更灵活和多样性的index策略，Illumina接头试剂盒之间的差异主要基于支持的样本数量，index的长度和序列，和连接到插入片段的化学方法的不同。
以下表格列出了Illumina接头试剂盒的产品规格：
复杂性指每个试剂盒中index序列种类的数量
Index长度指分别读取index 1和index 2所需的测序循环数量
基于连接方式的接头 | ||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 |
TruSeq™ DNA/RNA Single Indexes Set A and B | 单index （管装） | 24个样本 （每套12种index） | 6 + 0 | Nextera Mate Pair |
TruSeq ChIP-Seq | ||||
TruSeq DNA Nano | ||||
TruSeq DNA PCR Free | ||||
TruSeq DNA Exome | ||||
TruSeq Methyl Capture EPIC (Set A only) | ||||
TruSeq RNA Exome | ||||
TruSeq RNA V2 | ||||
TruSeq Stranded mRNA | ||||
TruSeq Stranded Total RNA | ||||
TruSight RNA Fusion | ||||
TruSight RNA PanCancer | ||||
TruSeq DNA/RNA CD Indexes | 组合双index （板装） | 96 | 8 + 8 | TruSeq DNA Exome |
TruSeq DNA Nano | ||||
TruSeq DNA PCR Free | ||||
TruSeq Stranded mRNA | ||||
TruSeq Stranded Total RNA | ||||
IDT for Illumina - TruSeq DNA/RNA UD Indexes (and v2) | 唯一双index （板装） | 24 或者 96 | 8 + 8 | TruSeq DNA Exome |
TruSeq DNA Nano | ||||
TruSeq DNA PCR Free | ||||
TruSeq Stranded mRNA | ||||
TruSeq Stranded Total RNA | ||||
TruSight Tumor 170 and TruSight Oncology Indexes | 组合双index(DNA), 唯一双index(RNA) （管装/板装） | 16 | 8 + 8 | TruSight Oncology 500 |
TruSight Tumor 170 | ||||
唯一双index （管装） | 16 | 8 + 8 | TruSight Oncology ctDNA | |
AmpliSeq CD Indexes Set A-D for Illumina | 组合双index （板装） | 384个样本 （每套96种index） | 8 + 8 | AmpliSeq Panels |
AmpliSeq UD Indexes for Illumina | 唯一双index
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基于PCR扩增方式连接的接头 | ||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 |
Nextera™ DNA CD Indexes | 组合双index （24种index-管装，96种index-板装） | 24 或者 96 | 8 + 8 | Nextera DNA Exome |
Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation1 | ||||
Nextera XT Index Kit v2 Set A-D | 组合双index，兼容磁珠标准化的定量方式
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基于连接和PCR扩增方式的接头 | ||||
接头名称 | 类别 | 复杂性 | Index长度 | 兼容的文库制备试剂盒 |
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D | 单index 1：Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex 2：Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment 3 ：IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D 4 ：Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息：
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