Illumina 接头系列
测序的第一步是通过DNA或RNA构建文库。如图1所示,文库中包含DNA插入片段(DNA Insert),两端各有一个接头。
图1:双index文库片段示意图
接头包含:
P5和P7序列:允许文库结合且能在flow cell上生成簇的序列
Rd1 SP和Rd2 SP:启动测序的测序引物结合位点
Index 1和Index 2:用于样本区分的index序列,可允许单次测序或单个Flow Cell通道中混合多个样本
Illumina提供多种接头试剂盒来实现更灵活和多样性的index策略,Illumina接头试剂盒之间的差异主要基于支持的样本数量,index的长度和序列,和连接到插入片段的化学方法的不同。
以下表格列出了Illumina接头试剂盒的产品规格:
复杂性指每个试剂盒中index序列种类的数量
Index长度指分别读取index 1和index 2所需的测序循环数量
基于连接方式的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
TruSeq™ DNA/RNA Single Indexes Set A and B
单index (管装)
24个样本 (每套12种index)
6 + 0
Nextera Mate Pair
TruSeq ChIP-Seq
TruSeq DNA Nano
TruSeq DNA PCR Free
TruSeq DNA Exome
TruSeq Methyl Capture EPIC (Set A only)
TruSeq RNA Exome
TruSeq RNA V2
TruSeq Stranded mRNA
TruSeq Stranded Total RNA
TruSight RNA Fusion
TruSight RNA PanCancer
TruSeq DNA/RNA CD Indexes
组合双index (板装)
96
8 + 8
TruSeq DNA Exome
TruSeq DNA Nano
TruSeq DNA PCR Free
TruSeq Stranded mRNA
TruSeq Stranded Total RNA
IDT for Illumina - TruSeq DNA/RNA UD Indexes (and v2)
唯一双index (板装)
24 或者 96
8 + 8
TruSeq DNA Exome
TruSeq DNA Nano
TruSeq DNA PCR Free
TruSeq Stranded mRNA
TruSeq Stranded Total RNA
TruSight Tumor 170 and TruSight Oncology Indexes
组合双index(DNA), 唯一双index(RNA) (管装/板装)
16
8 + 8
TruSight Oncology 500
TruSight Tumor 170
唯一双index (管装)
16
8 + 8
TruSight Oncology ctDNA
AmpliSeq CD Indexes Set A-D for Illumina
组合双index (板装)
384个样本 (每套96种index)
8 + 8
AmpliSeq Panels
AmpliSeq UD Indexes for Illumina
唯一双index
基于PCR扩增方式连接的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
Nextera™ DNA CD Indexes
组合双index (24种index-管装,96种index-板装)
24 或者 96
8 + 8
Nextera DNA Exome
Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation1
Nextera XT Index Kit v2 Set A-D
组合双index,兼容磁珠标准化的定量方式
基于连接和PCR扩增方式的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D
单index
1:Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex
2:Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment
3 :IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D
4 :Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息:
基于连接和PCR扩增方式的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D
单index
1:Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex
2:Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment
3 :IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D
4 :Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息:
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7315), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com.
基于PCR扩增方式连接的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
Nextera™ DNA CD Indexes
组合双index (24种index-管装,96种index-板装)
24 或者 96
8 + 8
Nextera DNA Exome
Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation1
Nextera XT Index Kit v2 Set A-D
组合双index,兼容磁珠标准化的定量方式
基于连接和PCR扩增方式的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D
单index
1:Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex
2:Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment
3 :IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D
4 :Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息:
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7315), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com.
基于连接和PCR扩增方式的接头
接头名称
类别
复杂性
Index长度
兼容的文库制备试剂盒
TruSeq Small RNA index Kit Set A-D
单index
1:Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex
2:Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment
3 :IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D
4 :Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息:
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7315), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com.
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7315), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com.
Last updated