NextSeq 1000/2000 control software v1.2的安装指导
本公告是对NextSeq 1000/2000 v1.2控制软件release notes的概述,并指导客户完成安装流程。此说明仅适用于控制软件v1.2的升级。软件安装程序和release notes可以在 NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.2.0 页面找到。
制定实验计划时请预留至多2个小时的软件升级时间(不含软件下载时间)。
如果要安装DRAGEN Enrichment v3.7.4,必须首先按照此处概述的步骤将NextSeq 1000/2000控制软件更新为v1.2。
注意:如果要安装多个DRAGEN workflows,请参考各自Install DRAGEN workflows的详细步骤。
准备
1. 总安装时间(不包括文件下载时间)最多可能需要2个小时。
2. 对于离线客户,需要获取更新的DRAGEN许可证文件:
重新安装请联系customercare@illumina.com申请离线版DRAGEN许可证。以ilmnadmin账户身份登录机器,并将此license.zip文件保存到桌面。
3. 因为需要访问ilmnadmin帐户,因此请确保提供正确的凭证。
4. 登录到ilmnadmin帐户:
a. 如果已经以ilmnuser身份登录并且打开了控制软件,请在控制软件菜单里选择“Exit Application”进入到桌面界面。
b. 点击屏幕右上角的电源按钮图标,然后选择ilmnuser->Log Out,退出ilmnuser账号。
c. 在登录界面,选择ilmnadmin,然后输入密码,登录ilmnadmin账户。
d. 控制软件将自动启动。
5. 升级安装文件最多需要16 GB的桌面可用空间。请按照以下步骤释放桌面空间。
a. 在控制软件中点击控制软件菜单,然后选择Minimize Application,进入桌面界面。
b. 从桌面删除或转移不需要的文件。
c. 清空垃圾桶以释放磁盘空间。
i. 选择Applications,然后从桌面的左上角选择Files以启动文件浏览器。
ii. 在文件资源管理器的左侧面板上,右键单击Trash图标,然后选择Empty Trash
6. 如仪器已联网,可直接在仪器上启动Chromium,从Illumina Support网站下载软件升级安装程序。如仪器未联网,请使用其他联网电脑下载软件升级安装程序并拷贝到仪器的桌面。
在桌面视图界面,打开左上角的Applications菜单。选择Internet,然后选择Chromium。
注意:如果启动Chromium之后出现unlock login keyring的提示,请忽略并取消提示
在Chromium浏览器打开Illumina支持网站上的NextSeq 1000 and 2000 Software Downloads页面。
7. 从Illumina支持网站下载以下软件升级安装程序,并将其保存到桌面。不要解压缩这些文件;将其保留为.tar.gz格式。
使用在线升级需要下载的文件有:
i. DRAGEN Workflows (13 GB)
ii. DRAGEN compression reference file (1.5 GB)
使用离线升级需要下载的文件有:
i. v1.2 SW Suite Installer (1 GB)
ii. DRAGEN Workflows (13 GB)
iii. DRAGEN compression reference file (1.5 GB)
iv. 将license.zip 文件保存到桌面。不要解压缩,将其保留为license.zip
在线安装
注意:在继续之前,请确认上一节中概述的准备步骤已完成
1. 安装软件套件
a) 在控制软件通知面板中选择software update alert,然后按照提示升级软件套件。
b) 安装过程完成后,将显示确认安装成功的提示,并显示重要的提示。确认提示后,控制软件将自动重新启动。
c) 按照提示进行固件更新。 注意:在此过程中,屏幕将变为空白。请耐心等待图像出现完成该过程。如果5分钟后图像仍未恢复,请手动 拨动仪器底部电源开关完成仪器重启。
d) 按照提示重启仪器。
注意:请确保在仪器关闭后拨动仪器底部的电源开关以完成仪器重启。
e) 打开仪器并以ilmnadmin身份登录。控制软件将自动启动。
注意:出现警报,指示需要更新DRAGEN workflows。继续执行以下步骤来解除警报。
f) 在控制软件菜单的About界面中,确认版本已更新为1.2。
g) 继续执行下一步以安装DRAGEN workflows。
2. 安装DRAGEN workflows和DRAGEN compression reference file。
a) 选择控制软件菜单,之后选择DRAGEN。
b) 在Version部分,选择Browse for New Version。
c) 在浏览窗口中选择并双击桌面上的DRAGEN Enrichment workflow *.tar.gz 压缩包。
d) 在控制软件DRAGEN窗口,选择Install 。
e) 弹出提示框,输入ilmnadmin的密码。
f) 对于其他的DRAGEN workflow *.tar.gz 压缩包,重复上述步骤安装。
g) 确认安装的DRAGEN Enrichment workflow 版本已更新到3.7.4。
h) 继续下面步骤安装DRAGEN compression reference file。
3. 安装DRAGEN compression reference file。
a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN。
b) 在Genome部分,选择Import New Reference Genomes下面的Choose,找到dragen_compression_ref.tar.gz文件,然后选择Open。
c) 选择Import。
d) 继续下面步骤更新GRAGEN许可证。
4. 更新GRAGEN许可证
a) 打开控制软件菜单。
b) 在License Renewal下面,选择Renew Online。
c) 确保许可证有效且没有过期(可在控制软件About界面确认)。
5. 最后步骤
a) 安装完成后,将桌面上所有下载的安装文档删除并清空垃圾桶以节省空间。
b) 登录ilmnuser开始测序。
离线安装
注意:在继续之前请参考前一节 Preparation步骤
1. 安装软件套件
a) 启动控制软件
i. 打开控制软件。
ii. 选择Software Update。
iii. 在Browse for Software Update下面选择 Choose 。
iv. 选择桌面上的安装程序。
v. 选择Update Now。
b) 输入ilmnadmin密码并按照提示更新软件套件。
c) 安装过程完成后,将显示确认安装成功的提示,并显示重要提示。确认提示后,控制软件将自动重新启动。
d) 按照提示进行固件更新。 注意:在此过程中,屏幕将变为空白。请耐心等待图像出现完成该过程。如果5分钟后图像仍未恢复,请手动拨动仪器底部电源开关重启仪器。
e) 按照提示重启仪器。
注意:请确保在仪器关闭后拨动仪器底部的电源开关以完成仪器的重启。
f) 打开仪器并以ilmnadmin身份登录。控制软件将自动启动。
注意:出现警报,指示需要更新DRAGEN workflows。继续执行以下步骤来解除警报。
g) 在控制软件菜单的About界面确认软件版本已更新至1.2。
h) 继续下面步骤安装DRAGEN workflows。
2. 安装DRAGEN workflows 和 DRAGEN compression reference file
a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN。
b) 在Version部分,选择Browse for New Version。
c) 在浏览器窗口,选择并双击桌面上的DRAGEN Enrichment workflow *.tar.gz 压缩包。
d) 在控制软件DRAGEN窗口,选择Install。
e) 当出现提示,输入ilmnadmin的密码。
f) 重复上述步骤安装其他的DRAGEN workflow *.tar.gz压缩包。
g) 确认安装的DRAGEN workflows 版本已更新为3.7.4。
h) 继续下面步骤安装DRAGEN compression reference file。
3. 安装DRAGEN compression reference file
a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN。
b) 在Genome部分选择Import New Reference Genomes下面的Choose, 找到dragen_compression_ref.tar.gz文件,然后选择Open。
c) 选择Import。
d) 继续下面步骤更新DRAGEN许可证。
4. 更新DRAGEN许可证
a) 在控制软件界面
i. 打开控制软件菜单。
ii. 选择DRAGEN。
iii. 选择License Renewal下面的Choose Offline 。
v. 选择Update。
b) 确保许可证有效且没有过期(可以在控制软件About界面确) 。
c) 最后的步骤
i. 安装完成后,将桌面上所有下载的安装文档删除并清空垃圾桶以节省空间。
ii. 登录ilmnuser开始测序。
已知的问题
在安装软件套件时,固件升级之后,屏幕可能持续空白。如果5分钟后图像仍未恢复,请切换电源开关并继续。
升级过程开始时可能会出现以下信息并阻止软件套件的安装:“Update cannot continue because the following actions are currently in progress: data file copy.”此消息表明有文件正在传输中。如果此问题持续存在,请联系Illumina技术支持。
For any feedback or questions regarding this article (Illumina Knowledge Article #7311), contact Illumina Technical Support techsupport@illumina.com. |
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